2003年第十二代皇冠正式推出，主要提供的是四门轿车，分为：Royal系列和ATHLETE运动系列。同时，MAJESTA重新回归皇冠车系，而第十一代皇冠旅行车继续销售。
第十二代皇冠基于“零皇冠”概念打造，这意味着“从零开始重新设计”。采用流线型车身造型，风阻系数仅为0.27。车头最大的变化在于车灯变得更为凌厉。车身侧面的线条饱满流畅，C柱变得更加宽厚。尾灯面积有所减小，牌照框顶部银色饰条。
车身尺寸再次加大，其长宽高分别为：4840mm×1780mm×1470mm。由于采用前悬和后悬都非常短的设计形式，第十二代皇冠的轴距相比上一代增加了70mm，达到2850mm，使其拥有更为充裕的车内空间。
四辐式方向盘增加了多功能按钮，副驾驶的座椅靠背中部可以完全放平，使后排乘客的腿部可以完全伸展。配备了无钥匙启动系统、带DVD和倒车影像的8英寸语音导航系统、膝部安全气囊等。2006年5月起，丰田为皇冠系列配备了G-BOOK车载智能通信系统。
动力部分，换装带有双VVT-i和燃油直喷技术的全新V6发动机，包括2.5升、3.0升和3.5升三种排量，传动系统匹配全新6速或5速自动变速箱。皇冠旅行车仍搭载直6发动机。由于新发动机的尺寸变得更紧凑，发动机安装位置也向后移动，实现更为理想的前后重量配比（53：47）。底盘结构继续采用前双叉臂+后多连杆的悬架形式。
2004年7月，全新设计的第四代皇冠MAJESTA正式推出，搭载4.3升V8发动机和6速自动变速箱，提供两驱及四驱版本，价格区间为567万-637.35万日元。配备VDIM车辆动态集成管理系统、预碰撞安全系统、LKAS车道保持辅助、智能AFS大灯主动转向照明辅助、泊车辅助等最新科技配置。2006年，一汽推出了在皇冠MAJESTA基础上开发的红旗HQ3公务车，该车后来更名为红旗盛世。
第十二代皇冠首次引入国产
一汽丰田国产皇冠在2005年3月正式上市，共推出7款车型，价格区间为32.8-48万元。国产皇冠以第十二代皇冠Royal系列为原型，主要区别包括：国产车型起初仅提供3.0升发动机，并取消直喷技术，后来又增加了2.5升动力版本，底盘升高了10mm，不提供四驱版本，取消主动转向大灯和夜视系统，原版的发动机盖采用铝合金材质，国产版改为不锈钢材质。
得益于早期进口到中国的“老皇冠”积攒下的良好口碑，初期销量一度超过了奥迪A6L。上市第一个月曾以2992辆的销售业绩高居中大型轿车市场榜首，两个月后超过10000辆。到2006年底，销量累计突破6万辆，在高级车市场中的占有率超过30%。2007年，皇冠年销量达到53104辆。然而巅峰状态未能持续多久，2008年皇冠年销量下降到45427辆。进入2009年，皇冠的月均销量更是跌破3000辆，并且在上半年个别月份甚至跌破2000辆。